La estructura de la organización en SAP debe estructurarse de manera que pueda satisfacer todos los requisitos legales, funcionales y operativos de la empresa. Los niveles en general son:
1. Mandante: base de datos donde se encuentran los recursos de SAP (tablas, programas, entre otros).
2. Sociedad: unidad de negocio desde el punto de vista jurídico y financieros que cumple con los requerimientos comerciales y legales de la empresa.
3. Centro: unidad organizativa que permite subdividir una empresa en función de aspectos de producción, aprovisionamiento, mantenimiento y planificación de necesidades. Desde el centro logístico se producen materiales o se suministran entregas y servicios.
4. Almacén: unidad organizativa que permite la diferencia de stocks de material de centro. Todos los datos referentes a un almacén concreto se guardan a nivel de almacén. Esto afecta especialmente a los stocks de almacén.
5. Organización de Compras: unidad de organización que subdivide una empresa en función de las necesidades de Gestión de compras. Esta se encarga del aprovisionamiento de materiales y servicios, negocia condiciones de compra con los proveedores y es responsable de tales operaciones. Una Organización de Compras puede ser responsable de uno o más centros.
6. Grupo de Compras: Una persona o grupo de personas responsables del suministro de un material o para una prestación de servicio y también es la persona contacto de la compañía para negociar con los proveedores.
Los criterios para una implementación son: requisitos operativos, requisitos legales-financieros, necesidades futuras, necesidades actuales e interacción de los departamentos de la empresa.